5422 sayılı Kurumlar Vergısı Kanunu'nun 7 nci maddesinin 15 inci bendinde, kurulduktan sonra Bakanlar Kurulu'nca vergi muafiyeti tanınan vakıflar ile bilimsel araştırma ve geliştirme faaliyetlerinde bulunan kurum ve kuruluşların vergiden muaf olduğu, vakıflara tanınan muafiyetin bunların iktisadi işletmelerini kapsamadığı hükme bağlanmıştır. Aynı maddenin son fıkrası ile, bunların vergi muafiyetinden yararlanma ve muafiyetlerinin kaybedilmesine ilişkin şartlarla, usul ve esasların Maliye Bakanlığı'nca belirlenmesi öngörülmüştür.

Bu hükümler çerçevesinde, vakıflara vergi muafiyeti tanınmasının şartları, vergi muafiyeti tanınan vakıfların yerine getireceği yükümlülükler, vergi muafiyetinin kaldırılması ve vergiden muaf vakıflarla ilgili uygulamada karşılaşılan sorunlar hakkında 22/07/1994 tarih ve 22004 sayılı Resmi Gazete'de yayımlanan 48 Seri No’ lu Kurumlar Vergisi Genel Tebliği'nde    (83 Seri No.lu Tebliğ İle Yürürlükten Kaldırılmıştır. Yeni Şartları Okuyunuz.) gerekli açıklamalar yapılmıştır. Anılan Tebliğe göre vakıflara vergi muafiyeti tanınabilmesi için gerekli şartlar şunlardır.

1- Eğitim, sağlık, kültür ve bilimsel araştırma ve geliştirme konularında faaliyette bulunmayı amaç edinmiş olmaları gerekir. Vakfın faaliyet konusu bu sayılanlardan birisi veya birden fazlası ile ilgili olabilir. Ancak, vergi muafiyeti talebinde bulunacak vakıf, sayılan konulardaki faaliyetini kamuya açık bir şekilde ve Devletin kamu hizmeti yükünü azaltıcı etki yapacak düzeyde yapmalıdır. Belli bir yöre veya belli bir kitleye hizmeti amaçlayan vakıflara vergi muafiyeti tanınması mümkün değildir.

2- Vergi muafiyeti talebinde bulunmadan önce en az iki yıl süre ile faaliyette bulunmuş ve bu süre içindeki faaliyetleriyle Devletin kamu hizmeti yükünü azaltıcı etki sağlamış olmaları gerekir. (Sadece eğitim ve sağlık konularında faaliyette bulunmayı amaç edinen vakıflar ile Türkiye ile diğer ülkeler arasında faaliyette bulunmayı amaç edinen vakıflar için iki yıllık süre şartı aranmaz.)

3- Bilanço esasına göre defter tutmaları, 213 sayılı Vergi Usul Kanunu hükümlerine göre birinci sınıf tüccarlarca tutulması gereken defterleri aynı Kanun'da belirtilen süreler içinde tasdik ettirerek kullanmaları gerekir. Vakfa ait veya bağlı iktisadi işletme bulunması halinde iktisadi işletmeler için ayrıca defter tasdik ettirilecektir.

4- Eğitim ve sağlık konularında faaliyet gösteren vakıflar için, hisse senetleri hariç 2002 yılı gelir getirici malvarlığı 169.400.000.000.- TL. bağışlar hariç yıllık geliri 16.100.000.000.- TL., eğitim, sağlık, kültür ve bilimsel araştırma geliştirme konularında faaliyet gösteren vakıflar için ise hisse senetleri hariç 2002 yılı gelir getirici malvarlığı 334.900.000.000.- TL. bağışlar hariç yıllık geliri 32.900.000.000.-TL. olması gerekir. Bu miktarlar, her yıl Vergi Usul Kanunu hükümlerine göre o yıl için belirlenen yeniden değerleme oranı ile çarpılmak suretiyle yeniden tespit edilir.

5- Yıl içinde elde edilen brüt gelirlerin en az % 80 'inin vakıf amaçlarına, % 20 ' sinin de yönetim ve idame giderleri ile ihtiyata ve vakfın malvarlığını artırıcı yatırımlara ayrılacağı ve harcanacağının vakıf resmi senedinde yazılı olması ve fiiliyatta bu şarta uyulması gerekir.

6- Vakfın vergi muafiyeti talebinin Maliye Bakanlığı'nca ilk değerlendirmesi yapıldıktan sonra vakfa vergi muafiyeti tanınıp tanınamayacağı konusunda Vakıflar Genel Müdürlüğü'nün ve vakıf resmi senedinde amaç edinen konulara göre ilgili kuruluşların görüşleri alınır. Bu kuruluşlardan olumlu görüş gelmesi halinde vakfın kurulduğu tarihten bugüne kadarki faaliyet ve çalışmaları Bakanlık merkezi denetim elemanlarınca incelenerek Devletin kamu hizmeti yükünü ne ölçüde azalttığı ve adı geçen Genel Tebliğdeki şartları taşıyıp taşımadığı tespit edilir.

Aynı Genel Tebliğe göre vergi muafiyetinden yararlanmada usul:

Vergi muafiyetinden yararlanmak isteyen vakıflar,

1- Vakıf resmi senedinin beş örneğini,

2- Gelir getirici malvarlığı ve yıllık gelire ilişkin belgeleri (banka mevduatları için bankadan alınan yazı, gayrimenkuller için tapu senetleri örnekleri gibi),

3- Kuruluş tarihinden başvuru tarihine kadar ki faaliyet raporunu,

4- Hazine Müsteşarlığı Teşvik Uygulama Genel Müdürlüğü'nce yayımlanan kalkınma planlarına diğer mevzuata uygun olup beş yıllık süre içinde tamamlanması programlanmış eğitim, sağlık, kültür, bilimsel araştırma ve geliştirmeye yönelik projelerin maliyeti, finansman kaynakları, kapasitesi gibi hususları içeren ön hazırlık raporunu taleplerini içeren bir yazıya ekleyerek Bakanlığımıza başvuruda bulunabilir.